La década de los años 1990 fue una época estable para el club en el ámbito nacional, en el cual consiguió ganar otras 2 ligas en las temporadas 1991-92 y 1993-94, y 3 Torneos de Copa, dos de estos de manera consecutiva en 1994 y 1995, y el tercero en 1998. En el medio internacional el equipo llegó a otras dos finales de la Copa de Campeones de la Concacaf y a una más en el Torneo Grandes de Centroamérica, sin embargo, todas estas fueron ganadas por el Saprissa de Costa Rica.
